Các máy Samsung trước đây thường có nhiều tính năng “thông minh” thừa mứa, nhưng S6 đã cải thiện điều này. Hãng vẫn giữ tính năng cử chỉ như úp màn hình cảm ứng để tắt chuông hay đưa máy lên tai để thực hiện gọi, nhưng tính năng luôn mở màn hình cảm ứng khi người sử dụng đang nhìn hay cuộn sử dụng cách đảo mắt đã được bỏ bớt.
Thay do những chức nặng lẻ, Samsung sở hữu một giải pháp quản lý pin, dung lượng, RAM và bảo mật chung trong tính năng có tên Smart Manager. Thực ra các thông tin này đều có trong những phần ở mục setup , nhưng Samsung đưa ra giao diện trực quan, dễ nhìn hơn.
Nhiều hãng điện thoại Trung Quốc đã cài sẵn phần mềm bảo mật, và Samsung là hãng bước kế tiếp áp dụng điều này. Phần bảo mật trong Smart Manager được sản xuất bởi McAfee, một hãng bảo mật danh tiếng. Các chức năng bảo mật bao gồm bảo vệ tự động (active protection) và chống malware.
Trên S6 Samsung đã giảm bớt các phần mềm cài sẵn của hãng, thay thế vào đó là hai ứng dụng của Microsoft
Samsung cũng không cài sẵn quá nhiều tính năng tự đi lên, nếu thích thì quý khách có thể tải xuất xứ kho tính năng. Thay vào đó S6 được cài sẵn hai ứng dụng của Microsoft gồm OneDrive và Skype. Người dùng sẽ được nhận thêm 100GB dung lượng cho OneDrive trong 2 năm khi kích hoạt tính năng sao lưu ảnh với ứng dụng này. Ngoài ra theo truyền thống thì Samsung cũng đưa ra nhiều ưu đãi (khuyến mại thời hạn trương mục hoặc các gói phụ trợ có phí) cho nhiều ứng dụng như Pocket hay Evernote.
Tính năng được đổi mới đáng kể trên Galaxy S6 là cảm biến vân tay. Với chiếc điện thoại này khách hàng chỉ cần đặt ngón tay lên nút home, chứ không cần phải trượt vuông góc như trên Note 4 và S5, để máy thu nhận biết được vân tay. Độ nhạy của cảm biến cũng tốt hơn, nên máy tiếp nhận vân tay cực kỳ tốt hơn hẳn so với thế hệ trước. Cảm biến vân tay trên S6 có khả năng sử dụng ngay trong khi vừa phát động điện thoại, chứ không cần phải nhập mã như trên iPhone.
Hiện nay ngoài việc mở khóa, cảm biến vân tay chỉ dùng để đăng nhập trương mục Samsung và nhập mật khẩu trong trình duyệt của máy (với tính năng này thì quý khách có khả năng sử dụng tính năng Lastpass, sẽ tiện hơn). Nhìn trong khoảng đến Samsung sẽ mở chức năng này để các nhà đi lên tận dụng.
Cảm biến nhịp tim đo khá nhanh, ứng dụng S-Health cũng sản xuất khá nhiều mô tả tập dượt và sức khỏe có giá trị
Điểm trừ lớn ở smartphone Samsung những năm gần đây là thiết kế không bắt kịp các sản phẩm cao cấp khác. Với chiếc Galaxy S6 hãng đã khắc phụ được điểm yếu này, mang lại cho người dùng một sản phẩm chức năng tốt và vẻ ngoài cũng đẹp.